통상임금 소급분 급여 반영으로 인한 세금 이중 부과를 해결하기 위해서는 소급분 급여의 귀속 시기를 근로 제공일이 속하는 연도로 하여 연말정산을 재정산해야 합니다.
소급 인상된 급여는 근로를 제공한 연도의 소득으로 간주되므로, 해당 연도의 소득세법에 따라 원천징수 및 연말정산을 다시 해야 합니다. 만약 이미 연말정산이 완료된 경우라면, 추가 지급 시점에 근로소득세를 재계산하여 납부해야 합니다. 이때, 추가 지급하는 달의 다음 달 10일까지 납부해야 하며, 납부 지연에 대한 가산세는 발생하지 않습니다.
또한, 급여를 소급 인상할 경우 해당 월의 급여에 포함하여 월정액 급여를 재계산하고, 이에 따라 비과세 금액이나 세액 공제액이 변동될 수 있으므로 원천징수액도 재계산해야 합니다.