임차보증금 자체는 세금계산서 발행 대상이 아닙니다. 세금계산서는 재화나 용역의 공급에 대해 부가가치세를 거래 징수하였음을 증명하는 서류이기 때문입니다.
다만, 임대차 계약에서 발생하는 임차료(월세)에 대해서는 사업용으로 사용하는 경우 부가가치세가 과세되며, 이 경우 임대인은 임차인에게 세금계산서를 발행해야 합니다. 임차인이 임차료를 지급하지 못하여 보증금에서 차감하는 경우에도, 계약상 임대료를 받기로 한 날에 세금계산서를 발행해야 하며, 보증금에서 차감된 금액은 실질적으로 임대료를 받은 것으로 간주하여 매출에 포함하고 부가가치세를 신고 및 납부해야 합니다.