법인 간 단기대여금 이자 지급 시, 원천징수 전에 이자를 이미 수령한 경우에도 원천징수 의무는 이자를 지급하는 법인에게 있습니다. 이 경우, 원천징수해야 할 세액만을 별도로 입금하여 돌려주는 것은 원칙적으로 허용되지 않습니다.
원천징수는 소득이 발생한 시점에 세금을 미리 징수하여 납부하는 제도로, 이자 지급 시점에 이루어져야 합니다. 따라서 이자를 이미 수령하였다면, 해당 이자에 대한 원천징수세액을 이자를 지급하는 법인이 직접 납부해야 합니다. 만약 원천징수 의무를 이행하지 않으면 가산세가 부과될 수 있습니다.
다만, 실무적으로는 이자 지급 시점에 원천징수를 하지 못한 경우, 추후에라도 원천징수 의무를 이행하기 위해 노력하는 것이 중요합니다. 이 경우, 과세 당국에 문의하여 정확한 처리 방법을 확인하는 것이 좋습니다.