개인사업자가 고정자산으로 보유한 차량을 판매하는 경우, 해당 차량의 판매로 인한 수입은 일반적으로 고정자산 매각 수입으로 구분됩니다. 다만, 이 수입이 종합소득세 신고 시 총수입금액에 포함되는지 여부는 사업자의 장부 작성 방식(복식부기 의무자 또는 간편장부 대상자) 및 차량의 사업 사용 여부에 따라 달라집니다.
복식부기 의무자의 경우, 사업용 유형고정자산(차량 포함)을 양도할 때 그 양도가액을 총수입금액에 산입해야 합니다. 이 경우, 양도 당시의 장부가액은 필요경비로 처리됩니다. 따라서 차량 판매로 인한 처분 이익이 발생하면 종합소득세 과세 대상이 될 수 있습니다.
간편장부 대상자의 경우, 일반적으로 고정자산 처분이익을 총수입금액에 포함하지 않으므로 차량 판매로 인한 처분이익에 대해 종합소득세가 과세되지 않습니다. 하지만 차량을 사업용으로 사용하여 매입세액을 공제받았거나 관련 비용을 사업 경비로 처리한 경우에는 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발행해야 할 수 있습니다.
차량 판매 시 세금계산서 발행 의무는 차량을 사업용으로 사용했는지 여부에 따라 달라집니다. 사업용으로 사용하고 매입세액 공제를 받았다면 세금계산서 발행이 필요하며, 이 경우 폐차수입금 등도 부가가치세 과세 대상이 될 수 있습니다.