2개 이상의 사업장을 운영하시는 경우, 중소기업특별세액감면 적용 시에는 각 사업장의 소득을 구분하여 계산하고, 감면 대상 사업과 그 외 사업을 명확히 구분하여 경리해야 합니다. 또한, 여러 사업에 공통으로 발생한 손익은 각 사업의 수입금액 비율에 따라 안분하여 계산해야 합니다. 최종적으로 감면 대상 사업에서 발생한 소득에 대해 산출된 세액에서 감면율을 적용하여 감면액을 계산하게 됩니다. 결손이 발생한 사업장이 있는 경우, 이를 다른 사업의 소득과 상계할 때 주의가 필요하며, 정확한 계산을 위해 세무 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.