사업자 등록이 없는 개인 간의 거래에는 부가가치세 대리납부 제도가 적용되지 않습니다. 부가가치세 대리납부 제도는 주로 국내 사업장이 없는 외국 사업자로부터 용역 등을 공급받는 경우에 적용되며, 해당 용역을 면세사업 등 과세사업 외의 목적으로 사용하는 경우에 한정됩니다. 개인 간의 거래는 이러한 요건에 해당하지 않으므로 대리납부 제도가 적용되지 않습니다.
다만, 사업자 등록을 하지 않았더라도 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 사업자로 간주되어 부가가치세 납세 의무가 발생할 수 있습니다. 이 경우에도 개인 간의 거래로 볼 수 있다면 대리납부 제도가 적용되지는 않습니다.