네, 계열사 간 직원 이동 시 세금계산서 발행이 예외적으로 인정되는 경우가 있습니다. 일반적으로 계열사 간 직원을 파견하고 인건비를 지급받는 경우, 해당 인건비는 부가가치세 과세 대상에 해당하지 않아 세금계산서 발행이 면제될 수 있습니다. 이는 그룹의 실익 증진 및 경영 효율성 제고를 위한 목적으로 이루어지는 경우에 해당합니다.
다만, 이러한 예외 규정이 적용되기 위해서는 관련 약정(예: 관리협약서, 자회사 경영관리규정 등)이 명확하게 존재해야 하며, 파견 목적이 그룹 전체의 이익에 부합해야 합니다. 또한, 지분 관계(100% 자회사 vs. 30% 관계회사)에 따라 적용 여부에 차이가 있을 수 있으므로, 구체적인 상황에 대한 면밀한 검토가 필요합니다.