판매 목적이 아닌 본점과 지점 간의 거래에 대해서는 세금계산서 발급 의무가 없습니다. 이는 부가가치세법 집행기준 12-0-1에 따른 것으로, 용역 제공 등 과세 대상이 아닌 거래의 경우 세금계산서를 발행하지 않아도 됩니다.
다만, 사업자 단위 과세 제도를 적용받는 경우에는 주 사업장에서 세금 신고 및 납부를 일괄 처리하므로 본점과 지점 간에 별도의 세금계산서 발행은 필요하지 않습니다. 하지만 이 경우에도 사업장별 매출, 매입, 납부세액 등을 파악하기 위해 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서를 작성하여 제출해야 합니다.