창업중소기업 세액감면과 통합고용세액공제(구 고용증대세액공제)의 중복 적용 배제 규정은 2025년 귀속분부터 적용됩니다. 따라서 해당 사업연도부터는 두 제도를 동시에 적용받을 수 없으므로, 사업연도별로 더 유리한 제도를 선택하여 적용해야 합니다.
다만, 창업감면 기간 중에 발생한 통합고용세액공제액이 최저한세 등으로 인해 공제받지 못하고 이월된 경우에는, 창업감면 기간이 종료된 이후에도 이월된 공제액을 적용받을 수 있습니다. 이 경우, 발생연도 기준 판단 및 이월공제 기간(5년)을 고려하여 적용 가능 여부를 판단해야 합니다.