사업 양도 계약 시 부가가치세 영세율 적용 여부는 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는지 여부에 따라 판단됩니다. 만약 사업장 내 여러 사업 중 일부만 양도하거나, 여러 사업 부문을 나누어 다른 사업자에게 양도하는 경우에는 사업 양도로 보지 않아 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 그러나 사업장 전체의 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 사업 양도의 경우에는 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 부과되지 않습니다.
한편, 국내사업자가 국내 사업장이 없는 외국법인에게 사업 관련 권리 및 고객 관계 등을 양도하고 대가를 받는 경우, 해당 거래는 수출하는 재화에 해당하여 부가가치세 영세율이 적용될 수 있습니다. 이는 재산적 가치가 있는 무형자산의 수출로 간주되기 때문입니다.