개인사업자는 근로소득자가 아니므로 일반적인 연말정산 대상에 해당하지 않습니다. 대신, 매년 5월에 종합소득세 신고를 통해 해당 연도의 소득을 확정하고 납부해야 합니다.
다만, 개인사업자 중 직장가입자로서 건강보험료를 납부하는 경우, 건강보험료에 대한 연말정산 절차가 별도로 있습니다. 이는 다음 해 2월(개인사업자 대표의 경우 5월)에 사업장에서 확정된 소득을 기준으로 전년도에 납부한 건강보험료를 재정산하여, 4월분(개인사업자 대표의 경우 6월) 보험료에 추가 징수하거나 환급하는 방식으로 진행됩니다.