영리기관에서 연구비를 집행할 때, 부가가치세를 제외한 공급가액에 10%를 적용하여 부가가치세를 신고하는 것이 일반적입니다. 다만, 연구개발비 집행분을 '공제받지 못할 매입세액'으로 신고하는 경우에는 부가가치세를 포함한 총 집행 금액이 연구개발비로 인정될 수 있습니다. 이 경우, 연구 기간 내 매 분기별 부가가치세 신고서 사본과 구입 건별 리스트를 제출해야 합니다. 연구비 카드 집행 영수증에 공급가액과 부가세가 구분되어 표기되어 있더라도, 모든 부가세가 매입세액으로 처리되는 것은 아니므로 주의가 필요합니다.