모회사와 자회사 간의 특수관계인 거래 시에는 거래의 정당성, 적정 가격 설정, 증빙 자료 구비, 그리고 세금계산서 발급 시 유의해야 합니다.
거래의 정당성 측면에서는 특수관계인과의 거래가 사업상 명확한 목적을 가지고 이루어져야 하며, 일반적인 거래 조건과 크게 다르지 않아야 합니다. 부당하게 거래를 하거나 조세 부담을 부당하게 감소시키는 행위는 법인세법상 부당행위계산의 부인 규정에 따라 과세될 수 있습니다.
가격 설정 시에는 반드시 시가(시장 가격 또는 정상적인 거래 가격)를 기준으로 해야 합니다. 시가보다 낮거나 높은 가격으로 거래할 경우, 그 차액에 대해 법인세가 추가로 부과될 수 있습니다. 예를 들어, 자회사에 저가로 자산을 양도하거나 고가로 매입하는 경우, 시가와의 차액만큼 법인의 소득금액이 조정됩니다.
또한, 모든 거래에 대한 계약서, 거래 내역, 대금 지급 증빙 등 관련 서류를 철저히 구비해야 합니다. 이는 세무 조사 시 거래의 투명성과 정당성을 입증하는 중요한 자료가 됩니다.
세금계산서 발급 시에는 거래 금액 전체를 기준으로 발급해야 합니다. 만약 용역 제공에 대한 수수료를 제외한 순액만을 기준으로 세금계산서를 발급하는 경우, 매출세금계산서 미발급 가산세 및 부가가치세 과소신고·납부 가산세 등이 발생할 수 있습니다. 가공세금계산서의 경우, 관련 법규에 따라 처벌받을 수 있으므로 주의해야 합니다.