근로소득증대세액공제 시 조세특례제한법 시행령 및 시행규칙에 따른 특례식 계산 방식이 인정되지 않는다는 담당 조사관의 주장은 일반적으로 타당하지 않을 수 있습니다. 조세특례제한법 제29조의4 및 관련 시행령에서는 근로소득 증가 기업에 대한 세액공제 계산 방식을 명시하고 있으며, 이는 법령에 근거한 정당한 계산 방식입니다.
담당 조사관이 특정 계산 방식을 인정하지 않는다면, 그 근거가 법령 해석상의 차이인지, 아니면 납세자의 계산 방식이 법령의 요건을 충족하지 못한다고 판단하는 것인지 명확히 확인할 필요가 있습니다. 만약 조사관의 주장이 법령에 명시된 계산 방식을 벗어나는 것이라면, 납세자는 해당 주장에 대해 이의를 제기하고 법령에 따른 정당한 세액공제를 주장할 수 있습니다.
이러한 경우, 조세 전문가의 도움을 받아 조사관의 주장에 대한 법리적 검토를 진행하고, 필요한 경우 조세 불복 절차를 고려해볼 수 있습니다.