국내 여행 알선 용역에 대한 부가가치세는 여행 알선 수수료에 대해서만 과세됩니다. 만약 여행사가 여행객으로부터 숙박비, 항공료, 식사비 등 실제 소요 비용과 여행 알선 수수료를 구분하지 않고 총액으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 전액이 부가가치세 과세표준이 됩니다. 하지만 소요 비용과 알선 수수료를 명확히 구분하여 받는 경우에는 알선 수수료에 대해서만 부가가치세가 과세됩니다.
따라서, 여행 알선 수수료에 대해 세금계산서를 발급받았다면 해당 금액에 대한 매입세액 공제가 가능합니다. 다만, 항공료 자체나 해외 숙박비 등은 국내 부가가치세법의 적용을 받지 않아 매입세액 공제가 불가능할 수 있으므로, 세금계산서에 알선 수수료 부분이 정확히 기재되어 있는지 확인하는 것이 중요합니다.