근속장려금 부상에 대한 원천징수 미처리 시, 원천징수의무자는 수정 신고를 통해 이를 바로잡을 수 있습니다. 만약 이미 원천징수하여 납부한 세액에 과오납이 있다면, 원천징수의무자가 해당 금액을 조정하여 환급하게 됩니다. 만약 환급액이 원천징수할 세액보다 많을 경우, 원천징수의무자의 환급 신청이 있다면 관할 세무서장이 초과액을 환급해 줄 수 있습니다. 이 경우 '원천징수세액환급신청서'를 제출해야 합니다.
만약 원천징수 의무자가 급여 지급 시 누락된 근로소득에 대해 수정 신고하고 추가 납부하는 경우, 원천징수 의무자는 가산세를 부담하게 됩니다. 하지만 근로소득자는 부당한 방법으로 근로소득을 누락한 경우가 아니라면 과소신고가산세를 부담하지 않습니다.