법인 사업장이 폐업할 때, 사업과 관련하여 취득하고 매입세액공제를 받은 고정자산은 '간주공급' 규정에 따라 부가가치세가 과세됩니다. 이는 폐업 시점에 사업자 본인에게 재화를 공급한 것으로 간주하기 때문입니다.
과세표준은 해당 고정자산의 시가를 기준으로 산정하며, 감가상각자산의 경우 취득가액에서 경과된 과세기간에 따른 감가상각액을 차감한 잔존가치를 기준으로 합니다. 구체적으로 건물 및 구축물은 취득가액의 5%씩, 그 외 감가상각자산은 25%씩 매년 감가상각률이 적용됩니다. 다만, 취득 시점으로부터 2년이 경과한 감가상각자산(건물의 경우 10년)에 대해서는 잔존가치가 0으로 간주되어 추가적인 부가가치세가 과세되지 않습니다.
폐업일이 속하는 과세기간의 다음 달 25일까지 부가가치세 신고 시 이를 포함하여 신고하고 납부해야 합니다. 폐업 후 해당 고정자산을 실제로 처분하더라도 별도로 부가가치세가 과세되지는 않으나, 소득세나 양도소득세 등 다른 세금 문제가 발생할 수 있으므로 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.