법인 폐업 후 세무조사에서 소명하지 못한 금액은 세무 당국이 제출된 자료와 조사 내용을 바탕으로 세금을 결정하게 됩니다. 소명이 부족하거나 이루어지지 않으면 추정 과세가 이루어질 수 있으며, 이는 납세자에게 불리하게 작용할 수 있습니다.
예를 들어, 매출 누락이나 가공 경비 계상 등의 혐의에 대해 충분한 소명이 이루어지지 않으면 해당 금액이 대표자의 상여로 소득 처분되어 추가적인 세금 부담이 발생할 수 있습니다. 또한, 폐업 후에도 법인세법에 따른 해산 및 청산 절차를 제대로 이행하지 않은 경우, 법인세 과세표준 신고 의무가 남아있을 수 있으며, 이에 대한 소명이 부족하면 불이익을 받을 수 있습니다.