보유기간 과세 ETF의 경우, ETF를 보유하고 있는 기간 동안 발생한 이익에 대해 세금이 부과됩니다. 이는 ETF를 매도한 시점의 가격과 매수한 시점의 가격 차이에 대해 세금을 매기는 방식입니다. 다만, 실제 매매한 가격 차이와 매매한 날의 과표기준가 차이 중 더 적은 금액에 대해 세금이 부과됩니다. 이 세금은 ETF를 매도할 때 원천징수됩니다.
국내 주식형 ETF의 경우 매매차익에 대해서는 비과세되지만, 분배금에 대해서는 15.4%의 세율이 적용됩니다. 반면, 국내 주식형 ETF를 제외한 다른 ETF(채권형 ETF, 레버리지 ETF, 해외 지수 추종 ETF 등)는 매매차익에 대해 15.4%의 세율이 적용됩니다.