농산물 판매 시 면세사업자와 과세사업자의 가장 큰 차이점은 부가가치세 납부 의무 여부입니다.
면세사업자는 부가가치세를 납부하지 않으며, 세금계산서 대신 계산서를 발급합니다. 또한, 사업 관련 지출에 대한 매입세액 공제가 불가능합니다. 연 1회 사업장 현황 신고를 해야 합니다. 농산물 자체는 부가가치세법상 면세 대상 품목에 해당하므로, 미가공 상태의 농산물이나 원생산물의 본래 성질이 변하지 않는 정도의 1차 가공만 거친 농산물을 판매하는 경우 면세사업자로 등록할 수 있습니다.
과세사업자는 부가가치세 납부 의무가 있으며, 세금계산서를 발급할 수 있습니다. 사업 관련 지출에 대한 매입세액 공제가 가능하며, 부가가치세는 일반적으로 분기별 또는 반기별로 신고해야 합니다. 만약 농산물을 가공하여 판매하거나, 농산물 외에 과세 대상 품목을 함께 판매하는 경우에는 과세사업자로 등록해야 할 수 있습니다.
두 사업자 모두 소득세 신고 의무는 동일하게 가지고 있습니다.