비영리법인이 수익사업을 시작하게 되면, 해당 수익사업에서 발생하는 소득에 대해 법인세 납세 의무가 발생합니다. 또한, 재화나 용역을 독립적으로 공급하는 경우에는 부가가치세 신고 및 납부 의무도 함께 발생하며, 세금계산서 발행 의무도 이행해야 합니다. 이자소득과 같이 원천징수 대상이 되는 소득에 대해서는 원천징수 신고·납부를 선택하여 법인세 납세 의무를 종결할 수도 있습니다.
비영리법인은 본래 비영리 목적 사업을 수행하지만, 영리 아닌 사업을 목적으로 하면서도 그 목적 달성을 위해 필요한 범위 내에서 수익사업을 영위하는 것이 허용됩니다. 다만, 이 경우에도 수익사업에서 발생한 소득은 법인세법에 따라 신고 및 납부해야 합니다. 수익사업과 고유목적사업을 명확히 구분하여 회계 처리해야 하며, 수익사업과 관련된 지출에 대해서는 증빙을 수취해야 합니다.