개인사업자의 경우, 사업용으로 사용한 지출이라면 일반 신용카드로 결제했더라도 비용 처리가 가능합니다. 다만, 사업용 지출과 개인적인 지출이 섞여 있을 경우 나중에 증빙 관리가 번거로워질 수 있습니다. 이를 방지하고 비용 처리를 더욱 수월하게 하기 위해 홈택스에 사업용 신용카드를 등록하는 것이 좋습니다. 홈택스에 등록하면 부가가치세 공제 대상과 불공제 대상을 자동으로 구분해주어 편리합니다. 만약 간이과세자나 면세사업자에게 지출한 경우, 부가가치세 공제 대상이라도 불공제 대상으로 잘못 구분될 수 있으니 직접 확인하고 수정해야 합니다. 공동사업자의 경우, 대표자 본인 명의의 카드만 홈택스에 자동 등록되며, 다른 공동사업자의 카드 내역은 별도로 관리해야 하는 번거로움이 있습니다.
신용카드로 세금을 납부할 경우, 납부대행수수료가 발생합니다. 신용카드는 0.8%, 체크카드는 0.5%의 수수료가 추가됩니다. 세금 납부는 카드사별로 제한이 있을 수 있으니 확인이 필요합니다.