여행사가 공항버스 이용료에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 받기는 어렵습니다. 공항버스를 포함한 대부분의 여객운송업은 부가가치세 면세 대상이거나, 세금계산서 발행이 불가능하여 매입세액 공제가 제한됩니다.
다만, 전세버스 운송업의 경우 부가가치세 과세 대상이며 세금계산서 발행이 가능하므로 매입세액 공제가 가능합니다. 또한, 법인사업자가 9인승 이상 승합차를 사업에 직접 사용하는 경우에도 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다.
매입세액 공제가 불가능하더라도, 해당 공항버스 이용료가 업무와 관련이 있다면 부가세를 포함한 전체 금액을 비용으로 처리할 수 있습니다.