2013년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 당기순이익 과세 방식을 적용하는 법인의 경우, 업무와 관련하여 발생한 과태료는 손금으로 인정되지 않습니다. 이는 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 않는 경우에도 마찬가지입니다.
당기순이익 과세는 조세특례제한법 제72조에 따라 특정 조합법인 등이 적용받는 제도로, 일반적인 법인세 계산 방식과는 다릅니다. 이 제도를 적용받는 법인은 법인세법상의 여러 규정(부당행위계산 부인 등)이 배제되지만, 이는 과태료와 같은 특정 항목의 손금 인정 여부에 영향을 미치지 않습니다.