한의원에서 발생하는 매입세액공제는 부가가치세 면세사업자와 관련된 경우 전액 공제받을 수 없습니다. 한의원은 일반적으로 의료 용역을 제공하므로 부가가치세 면세사업자에 해당합니다. 따라서 한의원에서 사업과 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 부가가치세법상 공제 대상이 되지 않습니다. 다만, 한의원에서 미용 목적의 진료 등 부가가치세가 과세되는 사업을 겸영하는 경우에는 해당 과세 사업과 관련된 매입세액에 대해서만 공제가 가능합니다. 이 경우에도 과세 사업과 면세 사업에 공통으로 사용된 비용에 대해서는 안분 계산을 통해 과세 사업에 해당하는 부분만 공제받을 수 있습니다.