네, 보증금에서 차감된 월세도 연말정산 시 월세 세액공제가 가능합니다.
월세 세액공제는 근로자가 실제로 부담한 월세액을 기준으로 적용됩니다. 따라서 임대차 계약에 따라 보증금에서 미납 월세액이 차감되어 지급받는 경우에도, 해당 월세액을 납부한 것으로 간주하여 세액공제를 받을 수 있습니다. 다만, 이러한 사실관계를 입증할 수 있는 자료를 종합소득세 신고 또는 경정청구 시 함께 제출해야 합니다. 보증금 반환 시 월세 미납액이 차감되었다는 내용이 기재된 계좌이체 내역이나 권리신고 관련 서류 등이 증빙자료로 활용될 수 있습니다.