간이과세자로부터 신용카드로 물품을 구매하였으나 부가가치세액이 총액에 포함되어 별도로 구분되지 않은 경우, 해당 거래에 대해서는 부가가치세 매입세액 공제를 받기 어렵습니다.
이유는 다음과 같습니다.
따라서, 간이과세자로부터 신용카드로 구매 시 부가가치세액이 별도로 구분되지 않았다면, 해당 부가가치세액에 대한 공제는 어렵다고 보시는 것이 맞습니다.
다만, 간이과세자 중에서도 직전 연도 공급대가 합계액이 4,800만원 이상인 경우 등 세금계산서 발급이 가능한 간이과세자로부터 세금계산서를 수취한 경우에는 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. 하지만 질문 주신 내용처럼 부가세액이 구분되지 않은 신용카드 결제의 경우에는 해당되지 않습니다.