연말정산 시 건강보험료는 별도로 정산됩니다. 건강보험료는 매년 전년도 보수총액을 기준으로 산정되는데, 연말정산 결과에 따라 실제 납부해야 할 건강보험료와 이미 납부한 금액 간의 차이가 발생할 수 있습니다. 이 차액을 정산하기 위해 매년 4월에 건강보험료 연말정산이 진행됩니다.
즉, 근로소득 연말정산은 소득세에 대한 것이고, 건강보험료 연말정산은 국민건강보험법에 따른 보험료 정산입니다. 따라서 연말정산 시 소득세 공제 항목에 건강보험료 납입액이 포함되기는 하지만, 건강보험료 자체의 최종 정산은 4월에 이루어집니다.