보건소는 일반적으로 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역을 제공하는 면세사업자이므로, 보건소에서 결제한 금액에 대해서는 원칙적으로 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세법상 매입세액 공제는 과세사업과 관련된 매입세액에 한하여 적용됩니다. 따라서 면세사업자인 보건소에 지출한 금액은 과세사업과 직접적인 관련이 없어 매입세액 공제 대상에서 제외됩니다.
다만, 의제매입세액 공제 제도를 통해 면세 농산물 등을 구입하여 과세사업에 사용하는 경우, 해당 매입세액의 일부를 공제받을 수 있으나, 이는 보건소 지출과는 직접적인 관련이 없습니다.