사내근로복지기금의 경우, 고유목적사업만 영위한다면 부가가치세 납부 의무가 발생하지 않으며 세금계산서 발행도 불가능합니다. 하지만, 면세 대상 사업이라도 부가가치세 과세 대상 사업을 영위하는 경우에는 세금계산서 발행 및 부가가치세 납부 의무가 발생합니다.
예를 들어, 사내근로복지기금이 운영하는 구내 자판기나 사내 구판장 등은 부가가치세법상 과세 대상 사업에 해당하므로 부가가치세 납부 의무가 발생하고 세금계산서 발행이 가능합니다.
과세 사업을 영위하는 경우, 거래 상대방으로부터 공급가액의 10%에 해당하는 세액(매출세액)에서 매입 시 거래 상대방으로부터 거래 징수한 세액(매입세액)을 차감한 세액을 신고·납부해야 합니다.
또한, 부가가치세 납세 의무가 없는 경우에도 매입처별 세금계산서 합계표를 해당 과세기간 종료 후 25일 이내에 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.