연구인력개발비 세액공제 시 대표이사 인건비 공제 대상 포함 여부

대표이사의 인건비는 원칙적으로 연구인력개발비 세액공제 대상에 포함되지 않습니다. 다만, 대표이사가 연구개발 활동에 직접 참여하고 다른 업무를 겸직하지 않는 등 엄격한 요건을 충족하는 경우에 한해 예외적으로 인정될 수 있습니다.

근거:

• 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항에서는 주주인 임원으로서 특정 요건(주식 보유 비율, 특수관계인 여부 등)에 해당하는 경우 연구요원에서 제외하도록 규정하고 있습니다. 대표이사는 일반적으로 이러한 요건에 해당될 가능성이 높습니다.
• 대법원 판례 등에서는 기업부설연구소의 인건비 세액공제는 연구전담요원이 연구업무만을 전담하는 경우에 한정하여 인정하고 있습니다. 대표이사가 경영 전반을 총괄하는 경우 연구업무만을 전담한다고 보기 어렵습니다.

따라서 대표이사의 인건비를 연구인력개발비 세액공제 대상에 포함시키기 위해서는 해당 대표이사가 연구개발 활동에 직접 참여하고, 다른 업무를 겸직하지 않았음을 입증할 수 있는 객관적인 자료를 갖추어야 합니다.