무신고 납부세액 계산 시 기납부세액을 뺀 결정세액을 기준으로 하는 것이 맞나요?

네, 맞습니다. 종합소득세 무신고 가산세 계산 시에는 이미 납부한 세액, 즉 기납부세액(근로소득에 대한 원천징수세액 등)을 차감한 금액을 기준으로 무신고 납부세액을 산정합니다. 따라서 가산세 계산의 기준이 되는 금액은 기납부세액을 제외한 금액이 됩니다.

다만, 연말정산으로 납세의무가 종결되는 근로소득자의 경우에는 별도의 종합소득세 신고 의무가 없으므로 무신고가산세 대상에서 제외됩니다.