회사가 1년 이상 근무한 일용직 직원을 상용직으로 전환하지 않아 국세청 세무조사 후 추가 세금이 발생했을 때, 회사가 전액 부담해야 하는지에 대해 질문하고 싶습니다.

회사가 1년 이상 근무한 일용직 직원을 상용직으로 전환하지 않아 세무조사 후 추가 세금이 발생한 경우, 해당 추가 세금은 원칙적으로 회사가 부담해야 합니다.

근거:

1. 일용근로자와 상용근로자의 구분: 소득세법상 일용근로자는 동일한 고용주에게 3개월 이상 계속 고용되지 않은 근로자를 의미합니다. 1년 이상 계속 근무한 일용직 직원은 법적으로 상용근로자로 보아야 합니다. (소득세법 시행령 제20조)
2. 원천징수 의무: 회사는 근로소득에 대해 원천징수할 의무가 있으며, 일용근로자와 상용근로자에 대한 원천징수 방식이 다릅니다. 상용근로자로 보아야 할 직원을 일용직으로 잘못 분류하여 원천징수하면, 이는 원천징수 의무 불이행에 해당합니다.
3. 세무조사 시 불이익: 세무조사 결과 일용직으로 잘못 분류된 사실이 확인되면, 회사는 원천징수 불이행 가산세 등 추가적인 세금 부담을 질 수 있습니다. 이러한 가산세 등은 회사가 부담하는 것이 타당합니다.

따라서, 1년 이상 근무한 일용직 직원을 상용직으로 전환하지 않아 발생한 추가 세금 및 가산세는 회사가 부담해야 합니다. 다만, 이 경우에도 근로자에게는 추가적인 세금 부담이 발생할 수 있으므로, 이에 대한 설명과 함께 정확한 세금 계산 및 납부가 이루어져야 합니다.