ISA(개인종합자산관리계좌)에서 발생한 국내 상장 ETF 수익 3천만원의 경우, 금융소득종합과세 대상 여부는 ISA 계좌의 세제 혜택 적용 여부에 따라 달라집니다.
ISA 계좌는 일반 계좌와 달리 투자 수익에 대해 일정 한도까지 비과세 혜택을 제공하며, 이 한도를 초과하는 금액에 대해서는 낮은 세율로 분리과세됩니다. 일반형 ISA의 경우 연간 200만원, 서민형 및 농어민형 ISA의 경우 연간 400만원까지의 투자 수익은 비과세됩니다. 이 비과세 한도를 초과하는 금액에 대해서는 9.9%(지방소득세 포함)의 세율로 분리과세됩니다. 따라서 ISA 계좌 내에서 발생한 국내 상장 ETF 수익 3천만원은 비과세 한도를 초과하므로, 초과분에 대해 9.9%의 세율로 분리과세됩니다. 이 분리과세되는 부분은 다른 금융소득과 합산되지 않으므로, 금융소득종합과세 대상에 포함되지 않습니다.
다만, ISA 계좌의 의무가입기간(최소 3년)을 충족하지 못하고 중도 해지하는 경우, 해당 계좌에서 발생한 이익에 대해 배당소득세 15.4%가 부과될 수 있습니다. 또한, 국내 상장 해외주식형 ETF의 경우에도 ISA 계좌를 통해 투자하면 동일한 세제 혜택을 적용받을 수 있습니다.