수입통관 시 관부가세 납부와 선하증권 양수도 시 부가세 납부가 별개로 적용되어 두 번 납부하게 되는 건가요?

수입통관 시 관세 및 부가가치세 납부와 선하증권(B/L) 양수도 시 발생하는 부가가치세 납부는 별개의 사안으로, 경우에 따라 이중으로 납부하는 것처럼 보일 수 있으나 부가가치세법에 따라 적절히 처리됩니다.

결론적으로, 선하증권을 양수한 사업자가 양도자로부터 받은 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있습니다. 다만, 부가가치세 면세사업에 관련된 매입세액인 경우에는 공제받을 수 없습니다.

근거:

1. 선하증권 양도 시 부가가치세 과세: 물품이 보세구역에 반입된 상태에서 선하증권을 양도하는 것은 재화의 공급으로 간주되어 부가가치세 과세 대상이 됩니다. 이 경우 양도자는 양수도 가액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 발급해야 합니다.
2. 수입통관 시 부가가치세 과세: 선하증권을 양수한 사업자가 해당 물품을 수입통관하는 경우, 세관장은 수입재화에 대한 부가가치세를 징수하고 수입세금계산서를 발급합니다.
3. 매입세액 공제: 사업자가 재화의 공급(선하증권 양수도)과 재화의 수입(통관)으로 인해 각각 세금계산서를 발급받은 경우, 해당 세금계산서에 기재된 부가가치세액은 원칙적으로 매출세액에서 공제받을 수 있습니다. 이는 부가가치세법 제38조에 따른 것입니다.
4. 이중과세 방지 규정: 부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제5호에서는 재화의 공급가액에서 세관장이 징수한 수입세금계산서의 공급가액을 차감하여 세금계산서를 발급하도록 규정하고 있습니다. 이는 선하증권 양도 시 발생하는 부가가치세와 수입통관 시 발생하는 부가가치세가 중복 과세되는 것을 방지하기 위한 조치입니다. 다만, 세관장이 부가가치세를 징수하기 전에 선하증권이 양도되는 경우에는 양수인이 받은 대가를 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급할 수 있으며, 이 경우 양수인은 양도자로부터 받은 세금계산서와 세관장으로부터 받은 수입세금계산서 모두에 대해 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.
5. 면세사업자의 경우: 부가가치세 면세사업자가 선하증권을 양수하여 면세사업에 사용하는 경우에는 매입세액 공제가 불가능합니다.