약국에서 공통매입세액 안분계산 시 유의해야 할 점은 무엇인가요?

    2026. 2. 13.

    약국에서 공통매입세액 안분계산 시에는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 공통으로 사용한 매입세액 중 면세사업에 해당하는 부분을 정확히 계산하는 것이 중요합니다. 이는 주로 일반의약품 판매(과세)와 전문의약품 조제(면세)를 함께 하는 약국의 경우에 해당됩니다.

    주요 유의사항은 다음과 같습니다.

    1. 과세 및 면세 매출 구분: 약국의 경우 일반의약품 판매는 과세, 전문의약품 조제는 면세 대상입니다. 따라서 어떤 매입세액이 과세사업에 사용되었고 어떤 것이 면세사업에 사용되었는지 명확히 구분해야 합니다. 특히, 조제에 사용되는 전문의약품 관련 매입세액은 전액 불공제되며 의약품 매입원가로 처리됩니다.
    2. 공통매입세액 안분 계산: 조제와 판매에 공통으로 사용되는 일반의약품 등의 매입세액은 공급가액 비율에 따라 안분 계산해야 합니다. 안분 계산 시에는 과세 관련 매출액과 총매출액을 정확히 파악해야 합니다.
    3. 신용카드 및 현금영수증 발행: 일반의약품 판매 등 과세 관련 매출액에 대해 신용카드로 결제한 경우, 판매금액의 1%를 납부세액에서 공제받을 수 있습니다. 다만, 이 경우에도 과세와 면세 구분이 명확해야 하며, 조제용역에 사용되는 일반의약품은 공제 대상이 아닙니다.
    4. 매입세액 처리: 전문의약품의 매출원가는 건강보험공단에 청구하는 약가와 일치시켜야 하며, 폐기나 감모손실 등도 정확히 처리해야 합니다.
    5. 세금계산서 관련: 세금계산서의 필요적 기재사항 누락이나 지연 발급 시 가산세가 부과될 수 있으므로 주의해야 합니다.
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