법원의 판결에 따라 임금을 소급하여 지급하는 경우, 해당 임금의 귀속 연도에 적용되는 세법에 따라 원천징수 및 연말정산이 이루어집니다.
과거 연도의 급여를 소급하여 지급받는 경우, 해당 급여는 근로를 제공한 시점의 세법이 적용됩니다. 즉, 급여가 발생한 과세기간의 법령에 따라 원천징수 및 연말정산이 이루어지며, 판결이 확정된 날이 속하는 과세기간의 세법이 적용되는 것은 아닙니다.
만약 소급 지급되는 급여의 귀속 연도가 여러 해에 걸쳐 있다면, 각 연도별로 구분하여 해당 연도의 세법에 따라 원천징수 및 연말정산을 재정산해야 합니다. 이 경우, 이미 납부한 세액과의 차액을 납부불성실가산세 없이 추가로 지급하는 달의 다음 달 10일까지 납부해야 합니다.
또한, 부당해고 기간 동안의 임금에 대한 지연이자는 기타소득으로 과세될 수 있으며, 이 경우에도 지급 시점에 원천징수 의무가 발생합니다.