자회사 주식의 시가와 발행가액 차이가 클 경우 세무상 유의해야 할 점은 무엇인가요?

자회사 주식의 시가와 발행가액 차이가 클 경우, 특히 발행가액이 시가보다 높게 책정된 경우, 이는 세무상 '부당행위계산 부인' 규정의 적용 대상이 될 수 있습니다. 이는 특수관계자 간의 거래에서 조세 부담을 부당하게 감소시키는 행위를 방지하기 위한 제도입니다.

주요 유의사항은 다음과 같습니다.

1. 부당행위계산 부인 적용 가능성: 자회사에 대한 대여금을 출자전환하는 과정에서 발행가액이 시가보다 높게 책정되면, 그 차액만큼 자회사가 모회사로부터 채무를 면제받은 것으로 간주되어 익금산입될 수 있습니다. 이는 모회사의 법인세 부담을 증가시킬 수 있습니다.

2. 채무면제이익 발생: 발행가액이 시가보다 높을 경우, 그 차액은 자회사의 '채무면제이익'으로 간주되어 자회사의 익금에 산입될 수 있습니다. 이는 자회사의 법인세 부담 증가로 이어질 수 있습니다.

3. 세무조정: 부당행위계산 부인이 적용될 경우, 출자전환 시점에는 대여금이 주식으로 전환되면서 익금산입(대여금) 및 손금산입(주식)의 세무조정이 발생할 수 있으며, 추후 주식 양도 시에도 관련 세무조정이 필요할 수 있습니다.

4. 경제적 합리성 판단: 출자전환의 목적, 자회사 재무구조 개선의 필요성, 채권 회수 가능성 등 거래의 경제적 합리성이 인정되지 않을 경우, 세무당국은 이를 부당행위로 간주할 가능성이 높습니다.

따라서 자회사 주식의 시가와 발행가액 차이가 클 경우에는 사전에 전문가와 상담하여 세무상 위험을 검토하고, 거래의 경제적 합리성을 입증할 수 있는 자료를 충분히 확보하는 것이 중요합니다.