수정세금계산서 발급 시 '착오에 의한 이중 발급' 사유는 동일한 거래에 대해 세금계산서가 두 번 발급되었거나, 면세 거래임에도 불구하고 과세 거래로 세금계산서를 발급한 경우에 적용됩니다.
이러한 경우, 최초에 발급된 세금계산서에 대해 마이너스(-) 금액으로 수정세금계산서를 발급하여 처리합니다. 이때 수정세금계산서의 작성일자는 최초 세금계산서의 작성일자와 동일하게 기재하며, 금액만 마이너스로 표시됩니다.
만약 부가가치세 신고 후에 이중 발급 사실을 알게 되었다면, 수정세금계산서 발급과 함께 경정청구를 진행해야 가산세 부과를 면제받을 수 있습니다. 공급받는 사업자의 경우, 매입세액을 과다 공제받았다면 과소신고가산세 등이 발생할 수 있으므로 별도의 수정신고가 필요할 수 있습니다.