결손처분된 체납액은 원칙적으로 소멸시효가 완성되면 납부 의무가 소멸됩니다. 결손처분은 체납자의 재산이 없거나 징수가 불가능하다고 판단될 때 행정 편의상 체납액의 정리를 위해 이루어지는 것이며, 납부 의무 자체를 소멸시키는 것은 아닙니다.
결손처분된 체납액의 소멸시효는 국세징수권의 소멸시효 기간(일반적으로 5년)이 경과해야 완성됩니다. 다만, 소멸시효는 다음과 같은 사유로 중단될 수 있습니다:
압류가 있는 경우, 압류가 해제될 때까지 소멸시효 진행이 정지되며, 압류 해제 후 새로운 소멸시효가 진행됩니다. 또한, 1996년 12월 30일 이후 결손처분된 경우에는 결손처분 자체가 납부 의무 소멸 사유에서 제외되었으므로, 소멸시효 완성 시에만 납부 의무가 소멸됩니다.
결손처분 후에도 체납자의 재산을 발견하면 결손처분을 취소하고 다시 체납처분을 집행할 수 있습니다. 이 경우, 결손처분 취소는 납세자에게 불이익을 주는 행정처분이므로, 그 취소 사유와 범위를 구체적으로 명시한 서면으로 납세자에게 통지해야 효력이 발생합니다.