보조금의 과세 여부는 지급 목적에 따라 달라집니다:
사업 관련 보조금의 경우, 보조사업자는 별도의 수익용 계좌를 개설하여 관리해야 합니다. 보조사업 수행 중 발생하는 부수수익(예: 신용카드 캐시백)은 재원별 비율에 따라 배분되어야 하며, 국고보조금에 해당하는 부분은 지정은행에 입금해야 합니다.
단, 보조금 교부기관은 보조사업 완료 시 상당한 수익이 발생할 경우, 보조금의 전부 또는 일부를 반환하게 하는 조건을 붙일 수 있습니다.