법인세법에서 손금으로 인정되는 세목을 본세로 하는 농어촌특별세는 본세와 마찬가지로 손금으로 처리합니다. 반면, 손금으로 인정되지 않는 본세에 대한 농어촌특별세는 손금으로 처리하지 않습니다.
예를 들어, 법인세 신고 시 세액감면을 받은 경우, 그 감면액의 일정 비율(일반적으로 20%)이 농어촌특별세로 부과될 수 있습니다. 이 경우, 본세인 법인세가 손금으로 인정되므로 이에 부수되는 농어촌특별세 역시 손금으로 처리하는 것이 일반적입니다.
따라서 농어촌특별세의 회계처리는 해당 농어촌특별세가 어떤 본세에 부수하여 발생했는지, 그리고 그 본세가 손금으로 인정되는지 여부에 따라 결정됩니다.