서로 다른 법인 간 직원을 파견하고 인건비를 정산하는 경우, 일반적으로 파견된 직원의 급여는 원소속 법인에서 지급하고 원천징수하는 것이 원칙입니다. 그러나 파견받는 법인이 급여를 직접 지급하고 원소속 법인에 보전해 주는 경우, 파견받는 법인이 원천징수 의무를 부담할 수도 있습니다.
이러한 인건비 정산은 세금계산서 발행 대상이 아니며, 별도의 계약에 따라 처리됩니다. 즉, 파견된 직원의 급여는 근로소득으로 분류되어 원천징수 대상이므로, 재화나 용역의 공급에 대해 발행하는 세금계산서와는 관련이 없습니다.
다만, 공동도급 공사 등 특정 상황에서는 공동비용 중 일용노무비 등은 회계 관습에 따라 정산될 수 있습니다. 또한, 100% 출자한 해외현지법인에 파견된 경우, 본사 부담 인건비가 일정 비율(50% 미만) 이하일 경우 업무 수행 입증 없이 비용으로 인정받을 수 있는 특례도 있습니다.
