회수기일이 2년 이상 지난 매출채권을 대손 처리하여 결산에 반영한 경우, 세무조정 시 손금불산입 대상이 되는지 여부는 해당 매출채권이 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 각 호에서 규정하는 대손 요건을 충족하는지에 따라 달라집니다.
특히, 2020년 2월 11일 개정된 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제9호의2에 따라 중소기업의 외상매출금 및 미수금으로서 회수기일이 2년 이상 지난 채권은 특수관계인과의 거래로 발생한 채권을 제외하고는 대손금으로 인정될 수 있습니다. 이 경우, 채무자의 파산 등 별도의 회수불능 사유 입증 없이도 대손금으로 손금 산입이 가능합니다.
따라서, 회수기일이 2년 이상 지난 매출채권이 중소기업의 외상매출금이고 특수관계인과의 거래가 아니라면, 결산에 반영된 대손 처리는 세무상 손금으로 인정될 가능성이 높습니다. 다만, 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있으므로 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.