사업소득이 있는 경우, 연말정산 시 소득공제 계산은 근로소득과는 다르게 적용됩니다. 사업소득자는 원천징수의무자가 연말정산을 해주는 경우, 해당 과세기간의 사업소득금액에서 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 산출하고, 이에 기본세율을 적용하여 산출세액을 계산합니다. 이후 세액공제를 적용하고 이미 원천징수된 소득세를 공제한 차액을 원천징수하게 됩니다.
사업소득금액은 '해당 과세기간에 지급한 수입금액 × 연말정산사업소득의 소득률'로 계산됩니다. 여기서 연말정산사업소득의 소득률은 (1 - 단순경비율)로 계산됩니다. 만약 해당 과세기간의 단순경비율이 결정되어 있지 않다면 직전 과세기간의 단순경비율을 적용합니다.
종합소득공제는 본인에 대한 기본공제와 표준세액공제(7만원)가 적용되며, 추가적인 소득공제나 세액공제를 받기 위해서는 원천징수의무자에게 소득·세액 공제신고서와 관련 증빙서류를 제출해야 합니다. 만약 이러한 신고를 하지 않으면 본인에 대한 기본공제와 표준세액공제만 적용됩니다.
참고로, 보험모집인과 같이 특정 사업소득자는 연말정산 대상 사업소득자에 해당하며, 이 경우에도 위와 같은 방식으로 소득공제가 계산됩니다.