매입자 납부 특례가 적용되는 거래에서 세금계산서는 공급자(판매자)가 발행합니다. 다만, 부가가치세액은 공급자가 아닌 매입자(구매자)가 직접 납부하게 됩니다.
일반적으로 매입자 납부 특례는 금, 구리, 철 스크랩 등 특정 품목의 거래에서 탈세 방지를 위해 적용됩니다. 이 경우 공급자는 물품 가액에 대한 세금계산서를 발행하지만, 부가가치세는 매입자가 별도의 전용 계좌 등을 통해 직접 납부하게 됩니다. 따라서 공급자는 부가가치세를 받지 않으며, 매입자는 납부한 부가가치세를 매입세액으로 공제받게 됩니다.