법인세 과세표준 및 세액 조정계산서에서 고유목적사업준비금 설정 후 손금산입 금액이 없는 이유는, 고유목적사업준비금의 손금산입은 결산상 비용으로 계상한 경우에 한하여 인정되기 때문입니다.
즉, 법인세법에서는 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 결산서상 비용으로 계상한 경우에 한하여, 일정 한도 내에서 이를 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있습니다. 따라서 결산서상에 고유목적사업준비금을 비용으로 계상하지 않았다면, 세무조정계산서상에서 손금으로 인정받을 수 없습니다.
만약 결산상 비용으로 계상하였으나 한도 초과 등으로 손금산입이 되지 않은 경우에는, 해당 금액은 손금불산입되어 과세표준 계산 시 익금으로 가산됩니다.