비영리법인의 부가가치세는 일반적으로 제세공과금으로 간주되지 않습니다. 부가가치세는 재화나 용역의 공급에 대해 부과되는 거래세의 성격을 가지므로, 법인의 소득 계산 시 손금으로 인정되는 제세공과금과는 구분됩니다.
다만, 비영리법인이 영위하는 사업 중 부가가치세가 과세되는 사업이 있다면, 해당 사업과 관련된 부가가치세는 납부 의무가 발생합니다. 이 경우 부가가치세 납부액은 법인세법상 손금으로 인정되는 제세공과금 항목에 해당하지 않습니다.
참고로, 비영리법인이 면세 대상 사업을 영위하는 경우 부가가치세는 면제되지만, 과세 대상 사업을 추가로 영위하는 경우에는 부가가치세 납세 의무를 준수해야 합니다.