고용증대세액공제 등 일부 세액공제의 경우, 공제받은 세액이 추후 고용 감소 등의 사유로 추가 납부 사유가 발생하면, 이월된 세액공제액이 남아있더라도 해당 추가 납부세액을 먼저 납부해야 할 수 있습니다. 추가 납부세액은 공제받은 세액을 한도로 하며, 나머지 금액은 이월된 세액공제액에서 차감하게 됩니다.
예를 들어, 고용증대세액공제액 중 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 금액을 이월한 후, 상시근로자 수가 감소하여 추가 납부세액이 발생한 경우, 해당 추가 납부세액은 공제받은 세액을 한도로 먼저 납부해야 하며, 그 후 남은 금액은 이월된 세액공제액에서 차감됩니다. 이는 추가 납부세액이 발생한 사업연도분 세액공제액으로서 이월공제되는 세액과 상계할 수 없다는 원칙에 따른 것입니다.