사업주가 고의로 소득세를 과소신고하고 세무사, 노무사와 공모하여 연말정산 시 직원 월급에서 밀린 소득세를 차감하는 관행이 장기간 유지되었으며, 국세청 부가소득세과에서 조사관이 2주간 조사를 진행 중인 사건이 종결될 사건인지, 비정기 세무조사인지 궁금합니다.

문의하신 사건의 종결 여부나 세무조사의 성격(정기/비정기)을 단정적으로 판단하기는 어렵습니다. 다만, 제공해주신 정보와 관련 법규를 바탕으로 다음과 같이 설명드릴 수 있습니다.

1. 사건의 성격 및 쟁점

• 쟁점: 사업주의 고의적인 소득세 과소신고, 세무사·노무사와의 공모, 직원 월급에서 밀린 소득세 차감 관행이 '부당과소신고' 또는 '부정행위'에 해당하는지 여부입니다. 이는 국세기본법상 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세 적용과 관련됩니다.
• 관련 법리: 대법원 판례에 따르면, 사용인 등의 배임적 부정행위가 있는 경우 납세자에 대한 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세 적용을 통일적으로 판단하는 것이 타당합니다. '부당한 방법'에 해당하지 않으면 '부정한 행위'에도 해당하지 않는다고 볼 수 있습니다.

2. 세무조사 관련

• 비정기 세무조사 가능성: 사업주의 고의적인 과소신고 및 공모 정황이 있다면, 이는 일반적인 정기 세무조사보다는 탈세 제보 등에 따른 비정기 세무조사(특별 세무조사)에 해당할 가능성이 높습니다.
• 조사 기간: 조사관이 2주간 조사를 진행 중이라는 점은, 조사 대상 혐의의 중대성 및 복잡성을 시사할 수 있습니다. 조사 기간은 사안의 복잡성, 증거 확보 정도 등에 따라 달라질 수 있습니다.
• 종결 여부: 사건의 종결 여부는 조사 결과에 따라 결정됩니다. 조사 결과, 과소신고 사실이 명확히 입증되고 법적 요건을 충족하면 가산세 부과 및 추징이 이루어질 수 있습니다. 반대로, 혐의가 입증되지 않거나 법적 요건을 충족하지 못하면 무혐의로 종결될 수도 있습니다.

3. 경정청구 및 고충신청

• 경정청구: 만약 직원들이 본인의 소득세 공제 누락 등으로 인해 과다 납부한 세금이 있다면, 다음 연도 5월 종합소득세 확정신고 또는 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다. 홈택스를 이용하면 편리하게 전자 신고가 가능합니다.
• 고충신청: 국세기본법상 불복 또는 경정청구가 어려운 경우라도, 국세부과 제척기간이 경과하기 전까지 국세청 납세자 보호담당관에게 고충신청을 통해 구제받을 수 있는 방안도 있습니다.

정확한 사건 종결 여부 및 세무조사의 성격 판단은 조사 결과 및 관련 증거에 따라 달라지므로, 현재로서는 단정하기 어렵습니다. 전문가와 상담하여 구체적인 상황에 맞는 조언을 받으시는 것이 좋습니다.